Hengartner tritt das Amt am 1. Februar 2020 an. Er folgt auf Fritz Schiesser, der Ende April in den Ruhestand getreten war. Eine achtköpfige Findungskommission sichtete die 29 Kandidaturen für die Nachfolge des Glarner alt Ständerats.
Das Amt war öffentlich ausgeschrieben, wie der Bundesrat am Mittwoch mitteilte. Zwischen Schiessers Rücktritt und dem Amtsantritt Hengartners leitet Beth Krasna den ETH-Rat als Interimspräsidentin.
Hengartner ist seit 2014 Rektor der Universität Zürich und seit 2016 Präsident der Universitätsvereinigung «Swissuniversities». Wie der Bundesrat zum Lebenslauf mitteilte, wuchs der kanadisch-schweizerische Doppelbürger in Québec auf.
Er promovierte 1994 am Massachusetts-Institut für Technologie in Cambrigde (USA) bei Medizin-Nobelpreisträger H. Robert Horvitz. Danach leitete er bis 2001 eine Forschungsgruppe am Cold Spring Harbor Laboratory in New York.
2001 wurde er auf die neu eingerichtete Ernst-Hadorn-Stiftungsprofessur am Institut für Molekulare Biologie der Universität Zürich berufen. Von 2009 bis 2014 war der 53-Jährige Dekan der Mathematisch-naturwissenschaftlichen Fakultät der Universität Zürich.