Der 23-jährige Berner traf nach 183 km von Mondorf-les-Bains nach Mamer mit dem Feld im Ziel ein und liegt nach wie vor vier Sekunden vor dem Portugiesen João Almeida und 19 Sekunden vor dem Franzosen David Gaudu.
Den Tagessieg holte sich im Sprint der Italiener Sacha Modolo vor Benoît Cosnefroy. Für Modolo war es der erste Triumph seit dreieinhalb Jahren.
Im Kampf um den Gesamtsieg dürfte die Entscheidung am Freitag fallen. Die zweitletzte Etappe ist ein Zeitfahren über 25 km mit Start und Ziel in Düdelingen. Nach seinem Tagessieg am Mittwoch hatte sich Hirschi nicht allzu zuversichtlich geäussert. Es werde schwierig sein, das Leadertrikot im Zeitfahren gegenüber Almeida zu verteidigen, meinte der Schweizer.