Aegerter verlor auf die Spitze gut 20 Sekunden. Zu der im Idealfall erhofften Top-10-Klassierung fehlten dem von Position 17 gestarteten Oberaargauer KTM-Fahrer, der nach wie vor nicht weiss, in welcher Klasse und für welches Team er 2019 Rennen bestreiten wird, weniger als fünf Sekunden.
Jesko Raffin (Kalex) hingegen verpasste die Punkteränge deutlich. Der Zürcher Moto2-Europameister wurde 21., mit mehr als zehn Sekunden Rückstand auf den im 15. Rang klassierten Italiener Mattia Pasini.
Der Sieg im viertletzten Saisonrennen ging an Fabio Quartararo (Speed Up). Hinter dem Franzosen, der zum zweiten Mal einen Grand Prix gewann, reihte sich mit weniger als einer halben Sekunde Rückstand Francesco Bagnaia (Kalex) ein. Der Italiener baute mit seinem elften Podestplatz des Jahres auch seine WM-Führung weiter aus. Bagnaias Vorsprung auf den in Motegi viertklassierten Portugiesen Miguel Oliveira (KTM) beträgt nun 35 Punkte (279:244). Aegerter verbesserte sich mit nun 29 Punkten um eine Position auf den 17. Platz. Raffin ist mit dem einen in San Marino gewonnenen Punkt 31.
In der Moto3-Kategorie ging der Sieg in Japan an Marco Bezzecchi (KTM). Dank den 25 Punkten schloss der Italiener in der WM-Wertung bis auf einen Zähler zu Honda-Fahrer Jorge Martin auf (203:204). Der Spanier schied in Motegi aus.