Bei der elektronischen Auszählung werden Papierstimmzettel durch einen Scanner ausgewertet und gezählt. Die GPK sieht darin Angriffsfläche für Manipulationen. Ihrer Ansicht nach ist es deshalb nötig, an die elektronische Auszählung höhere Anforderungen zu stellen als an die manuelle Stimmenzählung, schreibt sie.
Heute werden vom Bundesrat genehmigte Verfahren nicht mehr überprüft. Weiterentwicklungen müssen bloss der Bundeskanzlei gemeldet werden. Angesichts der technologischen Entwicklungen und Möglichkeiten genügt das der GPK nicht. Sie verlangt, dass alle Betriebskonzepte genehmigt und die Verfahren periodisch überprüft werden müssen.
Die Kommission stützt sich auf einen Bericht der Parlamentarischen Verwaltungskontrolle. Diese hatte die Genauigkeit der elektronischen Auszählung von Stimmen geprüft und festgestellt, dass zwischen der elektronischen und der manuellen Auszählung nur sehr geringe Abweichungen auftreten. Auch gab es in der Praxis bisher keine schwerwiegenden Vorfälle.
Dennoch empfiehlt die GPK, die ausgefüllten Stimmzettel vor dem Scannen konsequent einer Kontrolle zu unterziehen. Ziel ist es, die Abstimmungsresultate korrekt zu ermitteln und das Vertrauen in die korrekte Auszählung der Stimmen zu schützen.